L'enseignement se déploie de l'éveil au cycle spécialisé. Si le cours individuel prévaut, selon l'enseignant, il est possible de commencer en petit groupe de 2 ou 3 (éveil) et/ou de jouer en groupe, voire petit ensemble de façon intermittente pour les besoins de la vie de classe, du conservatoire et des différent également possible de pratiquer la flûte baroque (traverso) en lien avec le département musique ancienne,ou encore le piccolo, en lien avec les orchestres.

Le travail régulier avec une pianiste accompagnatrice est proposé, ainsi que des auditions publiques régulières afin de présenter le travail réalisé, de travailler la présence scénique et d'apprendre à gérer son stress. Ces auditions sont aussi un prétexte à travailler avec d'autres disciplines (instrumentales, vocales, théâtrales...), ponctuant l'année de moment forts où les élèves se retrouvent, s'écoutent et/ou jouent ensemble. 

L'évaluation est à la fois continue (assiduité, participation aux projets...) et ponctuelle (à la fin de chacun des 3 cycles, qui durent entre 3 et 5 ans chacun)